Итак наш сюжет сильно расходится с мангой и аниме, но это даже к лучшему.
События начинаются с первого сезона(хотя все персонажи будут по шипундену).Организация называемая акацуками, ешё почти никому не известна, но именно сейчас они начинают движение, с целью поимки так называемых джинчурики. Саске уходит к Орочимару сразу же после встречи с ним Лесу смерти. Орочимару жаждет уничтожить Коноху, но вместо того, чтобы использовать Суну(как в аниме) он придумывает другой план.Орочимару нанимает учёных которые по его приказу создают множество лабораторий, которые начинают создавать уникальных шиноби – сверхлюдей т.е. мутантов. Так как атаки на Коноху не было, 3-й Хокаге до сих пор жив, но всё же из за возраста он вынужден уступить своё место бывшей ученице Цунаде.
В тоже время по общему морскому торговому пути начинают проподать суда всех деревень, что приводит к моментальному ухудшению деловых отношений, что играет на руку Орочимару. Слудующим его решением становится переворот в Суне, а именно свержение молодого Казекаге Гаары, и посадить на его место собственного человека используя все средства.  Спустя какое то время по всем деревням проходят непонятные слухи, о неизвестных вторжениях, после которых были уничтожены целые города и деревни. Так как выживших нет, неизвестны и виновники…..

P.S. Если ваш персонаж получил какую то способность после смерти другого персонажа, а у нас умерший персонаж в списке живых, то эти способности анулируются (например мангекю у Саске, так как Итачи живой)